Magallanes fue Jefe de Seguridad durante la intendencia de Jorge Rossi en Lomas de Zamora y en 2004 puso en funciones como custodios del Palacio Municipal a Gerónimo Balmaceda, Juan Rivadeneira, Jorge Alberto Verdún y Manuel Moreno. El escandalo se destapo durante el 2006 cuando el diario Página/12 denunció que los cuatro integrantes del nuevo “cuerpo de Seguridad Municipal” figuraban en el informe de la Comisión Nacional de Desparición de Personas.
Aunque los cuatro oficiales fueron dados de baja inmediatamente, Raúl Magallanes continuó en el cargo hasta julio de 2006 cuando fue acusado por el entonces subsecretario de medios de la Presidencia de la Nación, Gabriel Mariotto. En esa oportunidad un intruso ingresó al despacho de la de la concejal kirchnerista María Victoria Lorences siendo descubierto por un asistente de la funcionaria. Aunque el espía fué detenido, el personal de seguridad municipal lo dejo ir sin siquiera identificarlo. Por esa acción, Mariotto (electo vicegobernador de la provincia de Buenos Aires) califico a Magallanes como “el Lopez Rega de (el intendente Jorge) Rossi”, en referencia al ex ministro de Acción Social de Isabel Perón y uno de los jefes del comando paramilitar Triple A.
Las organizaciones que llevan adelante la campaña de rechazo a la asunción de Magallanes manifestaron: “En defensa de las libertades democráticas, exhortamos a las Secretarías de Derechos Humanos de la Nación, de la Provincia de Buenos Aires y de la Municipalidad de Lomas de Zamora; al Intendente Martín Insaurralde, al Concejo Deliberante, a los Consejeros Escolares; al vicegobernador electo Gabriel Mariotto, al gobernador Daniel Scioli, a la Presidenta Cristina Fernández; a los legisladores provinciales y nacionales; a los miembros del Poder Judicial a que Raúl Magallanes no asuma el 10 de diciembre como Consejero Escolar, no ejerza más función o cargo político alguno, que se investigue profundamente su actuación, antes, durante y después de la dictadura, especialmente en su desempeño como funcionario policial a las órdenes de Camps y Etchecolatz y como Subsecretario de Seguridad Municipal del ex intendente Rossi”.